...Остров Риф Маска, расположенный на юго-востоке от Мондштадта. В лучах закатного солнца, омываемый волнами, он притянул к себе внимание нескольких людей, усердно раскапывающих нечто в земле неподалеку от огромного каменного кольца. Наконец, они забрались достаточно глубоко, чтобы вот-вот, как им казалось, добраться до искомого сокровища, как внезапно... из недр земли раздался громкий толчок, похожий на раскат грома. Буквально через мгновение волна сильного землетрясения вкупе с мощнейшим выбросом энергии сотрясли остров. Двое из незадачливых искателей сокровищ оказались похоронены под землей, но одному из них все же удалось спастись.

Землетрясение донеслось и до Мондштадта, сея разрушения и панику, а его отголоски ощутились даже в гавани Лиюэ. Встревоженные причиной странного происшествия, Ордо Фавониус отправляют разобраться в нем своего человека — а именно, главного алхимика и, по совместительству, капитана исследовательской группы. Он, а также увязавшийся вместе с ним капитан кавалерии, отправляются на остров для выяснения причин землетрясения.

После возвращения в город они узнают, что размеренную и спокойную жизнь в Мондштадте прервала новость о вспышке неизвестной ранее болезни, которая распространяется по окрестностям с пугающей скоростью и не поддается лечению никакими средствами. Источник заражения неизвестен, а горожане, тем временем, один за другим начинают испытывать одинаковые симптомы: резкий упадок сил, лихорадка, бессонница и надрывный кашель появляются у каждого пятого жителя Спрингвейла. В поисках новых лекарств, Город Свободы обращается с просьбой к другим регионам и задействует своих лучших алхимиков и медиков, однако все безрезультатно - некоторые из заболевших начали умирать. А вскоре схожие симптомы проявляются и в самом Мондштадте, где первым заболевшим становится... капитан кавалерии - Кайя Альберих.

...Не зная того, незадачливые искатели сокровищ повредили древнюю печать еще времен Войны Архонтов, выпустив в мир древнее создание, повторившее когда-то судьбу Осиала. Древнее божество покидает место своего заточения и, в поисках уединения для восстановления своих сил, оно обращает взор на Иназуму — удаленную от большой земли зону. Прорвавшись сквозь созданный Сёгуном шторм, оно находит себе пристанище на одном из небольших необитаемых островов. Появление незваного гостя не остается незамеченным для Электро Архонта, однако отправившись на встречу с древним божеством, Райден Сёгун бесследно исчезает. О том, что она все еще жива, говорит буря, что частично продолжает бушевать вокруг региона. Исчезновение Архонта Вечности сбивает с толку противоборствующие лагеря. В попытках выяснить, что на самом деле случилось, обе стороны независимо друг от друга организуют вылазки к острову, захваченному неизвестным божеством, однако при приближении к нему у всех участников экспедиций начинаются проблемы с памятью, общим самочувствием и Глазами Бога, если они есть. Люди не только перестают узнавать друг друга, но и осознавать самих себя. Пытаясь спастись от влияния чужого бога, сохранившие разум жители Иназумы начинают организовывать эвакуацию населения сначала на дальние острова, а затем — за пределы своего региона. Их путь лежит в Лиюэ, и там они надеются получить помощь.

Лиюэ, еще не до конца пришедший в себя после битвы с Осиалом, принимает у себя флот Южного Креста, на котором Бэйдоу вывозит из Иназумы своих, теперь уже, товарищей — представителей армии сопротивления, во главе с пострадавшими лидером и генералом. Поначалу люди настроены радушно и дружелюбно к гостям, но вскоре суда из Иназумы начинают прибывать все чаще и чаще. Часть людей сумела сохранить рассудок в полной мере, но у большинства наблюдаются серьезные проблемы — полная или частичная амнезия, ощутимый упадок сил и нарушения в работе Глаз Бога. Способности, ранее полностью подконтрольные своим владельцам, начинают срабатывать без надобности и желания, будто бы потеряв рассудок вместе со своими обладателями. Пытаясь справиться с потоком беженцев из Иназумы и помочь им, Лиюэ упускает момент, когда на территорию региона проникает болезнь, что бушует в Мондштадте, обостряя ситуацию еще сильнее и накаляя отношения между соседями...

Узнав о том, что в соседних регионах наблюдается вспышка неизвестного заболевания, Академия принимает решение временно отгородиться от всех и объявить на своей территории карантин. На данный момент, жители Сумеру могут беспрепятственно выходить на территории Лиюэ, но вернуться домой они смогут только после прохождения множества проверок.

Обо всех последующих и текущих событиях можно узнать в разделе «События», выбрав интересующий вас регион.
Ознакомиться с игровыми эпизодами в хронологическом порядке можно в теме «Хронология событий».